Konieczne jest również odzwierciedlenie w ustawie o utworzeniu Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości zmian wynikających z ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju oraz nowelizacji ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach.
Nowelizacja zawiera zmienione brzmienie art. 4. zgodnie, z którym rozszerzony zostaje katalog zadań Agencji o nowe zadania dotyczące przede wszystkim działalności innowacyjnej, wspierania rozwoju potencjału adaptacyjnego przedsiębiorców, badania roli mikro, małych i średnich przedsiębiorców oraz przygotowywania raportów w tym zakresie, jak również analizowania barier ich rozwoju. Biorąc pod uwagę dotychczasowe ogromne doświadczenie Agencji w powyższym zakresie oraz dysponowanie bazą danych niezbędną do prowadzenia badań dotyczących sektora mikro, małych i średnich przedsiębiorców, uzasadnionym i logicznym rozwiązaniem jest skoncentrowanie w Agencji badań nad rolą, jaką odgrywają dla polskiej gospodarki i barierami, jakie napotykają w swoim rozwoju.
Kolejna zmiana polega na rozszerzeniu dotychczasowego katalogu działań, za pomocą których Agencja realizuje swoje zadania, np. o możliwość udzielania wsparcia na uzyskanie ochrony i realizację ochrony prawa własności przemysłowej oraz popularyzację wiedzy w zakresie ochrony własności intelektualnej. Wsparcie takie będzie udzielane m.in. w ramach Działania 5.4 Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka. Wsparcie na uzyskanie ochrony prawa własności przemysłowej obejmie pokrycie kosztów przygotowania przez rzecznika patentowego zgłoszenia i kosztów zgłoszenia wynalazku, wzoru użytkowego lub wzoru przemysłowego do właściwego organu, w celu uzyskania ochrony przyznawanej przez krajowe, regionalne lub międzynarodowe organy ochrony praw własności przemysłowej. Natomiast wsparcie na realizację ochrony prawa własności przemysłowej będzie udzielane z przeznaczeniem na pokrycie kosztów związanych z wszczęciem postępowania w zakresie unieważnienia patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy albo prawa z rejestracji, a także w zakresie stwierdzenia wygaśnięcia patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy albo prawa z rejestracji. Pomoc finansowa na popularyzację wiedzy w zakresie metod, możliwości oraz korzyści wynikających z ochrony własności intelektualnej w przedsiębiorstwach będzie natomiast adresowana do podmiotów działających na rzecz innowacyjności oraz działających na rzecz rozwoju gospodarczego.
Agencja będzie również udzielała pomocy finansowej na realizację przedsięwzięć w zakresie rozwoju infrastruktury technicznej w ramach Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej. W ramach Priorytetu I wsparciem zostaną objęte działania inwestycyjne wspierające rozwój przedsiębiorczości, rozbudowę infrastruktury i usług informacyjno-komunikacyjnych, rozwój bazy dydaktycznej i badawczej szkolnictwa wyższego, współpracę województw i wspólną promocję Polski wschodniej. Priorytet II będzie obejmował projekty z zakresu rozbudowy infrastruktury miejskiego transportu publicznego oraz budowy i przebudowy, rozbudowy lub remontu infrastruktury umożliwiającej organizację kongresów, konferencji, wystaw i targów o znaczeniu ponadregionalnym i międzynarodowym. W ramach Priorytetu III będzie realizowana budowa i przebudowa, rozbudowa lub remont ważnych odcinków dróg wojewódzkich Polski wschodniej, obwodnic w ciągach dróg krajowych oraz wytyczanie oraz oznakowanie tras rowerowych.
Zmiana dotycząca wprowadzenia instytucji "funduszu kapitału podwyższonego ryzyka" wynika z konieczności wprowadzenia podstawy prawnej dla działania Agencji w Poddziałaniu 1.2.3 Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw oraz Działaniu 3.1 Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, w ramach, których przewiduje się finansowanie przez fundusze venture capital fazy tzw. zalążkowej oraz fazy rozruchu przedsiębiorstw. Ponadto w noweli zrezygnowano z instytucji wykonawców akredytowanych w działaniach doradczych z uwagi na zmianę w tym zakresie ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. - Prawo zamówień publicznych oraz z uwagi na fakt, że w nowej perspektywie wydatkowania środków UE w latach 2007-2013 nie przewidziano takiej instytucji. Jednakże w związku z faktem, że w dalszym ciągu realizowane są projekty w ramach programów operacyjnych na lata 2004-2006, w art. 3 projektu nowelizacji ustawy zawarto przepisy przejściowe dotyczące utrzymania instytucji akredytacji dla tych programów.
Zmiany dotyczące regionalnych instytucji finansujących (RIF) wiążą się z wprowadzeniem możliwości zlecenia jednej instytucji realizacji zadań nie tylko w jednym województwie oraz wprowadzeniem zasady przeprowadzania audytu, potwierdzającego spełnianie warunków do pełnienia roli regionalnych instytucji finansujących, częściej niż dotychczas, czyli co dwa lata. Ponadto nowela wprowadza korzystny przepis, który zobowiązuje regionalną instytucję finansującą do zapewnienia wykonywania zadań przez kompetentne osoby, bez konieczności ich zatrudniania.
Zmiana w art. 6d ust. 5 obecnej ustawy, dotycząca możliwości zlecenia przez Agencję niektórych zadań związanych z udzielaniem pomocy finansowej innej niż wybrana instytucji finansowej, pozwoli zapewnić prawidłową realizację zlecanych zadań do momentu rozstrzygnięcia i wyjaśnienia zaistniałych wątpliwości. Zmiana ta odnosi się do sytuacji oczywistych naruszeń postanowień umowy i przyczyni się do sprawnego usuwania nieprawidłowości.
Kolejne zmiany dotyczą zmian organizacyjnych Agencji w związku z powierzeniem Agencji nowych zadań związanych z przygotowaniem i wdrażaniem programów operacyjnych w nowej perspektywie finansowej na lata 2007-2013. Stąd też przewidziano możliwość zwiększenia liczby zastępców Prezesa PARP, przy czym zmiana ta wprowadza możliwość, a nie konieczność powołania kolejnego zastępcy Prezesa. Ponadto zmiany dotyczą przede wszystkim przygotowywania planów i sprawozdań Agencji i są konsekwencją wejścia w życie ustawy z dnia 8 grudnia 2006 r. o zmianie ustawy o finansach publicznych oraz niektórych innych ustaw, która rozpoczęła proces likwidacji występującej dotychczas dwoistości planów finansowych Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości, polegającej na jednoczesnym istnieniu planów finansowych zatwierdzanych przez Radę Nadzorczą i odrębnych planów finansowych SFP-GN. Zmiany w ustawie miały na celu likwidację dwoistości wzorów planów finansowych, a nie dwoistości planu działania i planu finansowego. Nowelizacja ustawy o PARP pozostawia wyłącznie jeden wzór planu finansowego - przygotowywany zarówno w trybie planowania budżetu państwa, jak i Ministra Gospodarki, tj. organu nadzorującego działalność Agencji, co oznacza, że dwoistość planów finansowych została usunięta. Ze względu na tryb zatwierdzania tego planu finansowego, inny niż planu działania, celowym jest rozdzielenie dodatkowo procedury przygotowania planu finansowego i planu działania. Dodatkowo, mając na uwadze dotychczasową praktykę związaną z prezentacją stopnia zaawansowania realizacji programów wdrażanych przez Agencję organom nadzoru, wydłużono okres sprawozdawczości kwartalnej o 15 dni. Zmiana ta pozwoli na urealnienie terminu pozyskiwania i opracowywania danych.
Od momentu utworzenia PARP realizowała programy przedakcesyjne, a w wyniku połączenia z Polską Agencją Rozwoju Regionalnego i Agencją Techniki i Technologii przejęła również należności tych instytucji. W związku z realizacją tych programów PARP udzielała wsparcia przedsiębiorcom oraz innym podmiotom zgodnie z warunkami wdrażanych programów. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowej realizacji projektów przez beneficjentów i rozwiązania z nimi umowy, wypłacone środki podlegały zwrotowi. W stosunku do beneficjentów, którzy nie zwrócili wymaganych kwot, prowadzona była windykacja. Obecnie realizacja programów przedakcesyjnych przez PARP została zakończona i wszystkie te programy zostały rozliczone z Komisją Europejską. Ewentualne zwroty środków po dokonaniu rozliczenia z Komisją Europejską przekazywane są przez PARP na zbiorczy rachunek w Ministerstwie Finansów. Należy zauważyć, że postanowienia Memorandów Finansowych, dotyczących tych programów, nie wyłączają możliwości umarzania kwot podlegających zwrotowi, a rozporządzenie Komisji (WE) nr 1681/94 z dnia 11 lipca 1994 r., dotyczące nieprawidłowości oraz odzyskiwania kwot wypłaconych nieprawidłowo w związku z finansowaniem polityki strukturalnej i organizacją systemu informacji w tej dziedzinie - zmienione rozporządzeniem Komisji (WE) nr 2035/2005 z dnia 12 grudnia 2005 r., zmieniającym rozporządzenie (WE) nr 1681/94, dotyczące nieprawidłowości oraz odzyskiwania kwot wypłaconych nieprawidłowo w związku z finansowaniem polityki strukturalnej i organizacją systemu informacji w tej dziedzinie, które ma również zastosowanie do programów PHARE, przewiduje możliwość zaniechania odzyskiwania należności i określa odpowiednią procedurę informowania Komisji Europejskiej o takich przypadkach. Ponadto zgodnie z powyższym rozporządzeniem w przypadku, gdy nieprawidłowości odnoszą się do kwot poniżej 10 000 euro obciążających budżet Wspólnoty, nie ma obowiązku przekazywania Komisji informacji na ten temat chyba, że Komisja wyraźnie ich zażąda. W związku z tym można przyjąć, że kwoty nieprzekraczające podanego progu Komisja uznaje za bagatelne. Natomiast nowelizacja zakłada restrykcyjne rozwiązanie, przewidujące, że gdy kwota podlegająca umorzeniu, odroczeniu lub rozłożeniu na raty przekracza 5 000 zł, umorzenie należności i wierzytelności Agencji, odroczenie lub rozłożenie na raty ich spłaty wymaga zgody Ministra Gospodarki. Z dotychczasowych doświadczeń Agencji wynika, że w wielu przypadkach koszty dochodzenia tych należności wielokrotnie przewyższają wartość samego roszczenia. Wprowadzenie możliwości umarzania, odraczania terminu spłaty lub rozłożenia na raty innych należności pozwoli na efektywniejsze rozwiązywanie powyżej opisanych problemów i w konsekwencji zdecydowanie obniży koszty związane z niecelowym podejmowaniem bezskutecznych działań.
