Lata 1997-2002 przejdą do historii jako okres wielkiego wysiłku państwa i społeczeństwa, włożonego w odbudowę zniszczeń dokonanych przez tę powódź, największą pod względem intensywności, zasięgu i rozmiaru wyrządzonych szkód. Na podstawie badania skutków powodzi, przeprowadzonego przez GUS w styczniu 1998 roku oraz szacunków strat w rolnictwie i leśnictwie, oceniono ostatecznie, że łączne szkody wyniosły 12-12,5 mld zł.
W połowie lipca 1997 roku, w kilka dni od wystąpienia powodzi, rozpoczęto realizację przygotowanego przez rząd Narodowego Programu Odbudowy i Modernizacji. W pięć lat po powodzi można stwierdzić, że większość zadań wykonano w całości, a zaawansowanie zadań długookresowych zapewnia ich kontynuację i zakończenie w dającej się określić niedalekiej perspektywie, przy zagwarantowaniu finansowania na poziomie ostatnich lat.
Zrealizowano szeroki program pomocy socjalnej dla powodzian w postaci:
1) zapomóg ustawowych;
2) zasiłków celowych;
3) zasiłków na wyprawki szkolne;
4) środków na dożywianie dzieci i organizację kolonii;
5) zasiłku "opałowego" wspierającego osuszanie mieszkań;
6) pomocy rzeczowej, organizowanej wspólnie z organizacjami społecznymi i charytatywnymi.
Na te cele przeznaczono z budżetu państwa blisko 180 mln zł.
Przy udziale i wydatnej pomocy państwa, świadczonej w różnych formach (zapomogi, ulgi podatkowe, dopłaty do oprocentowania kredytów, ułatwienia budowlane i inne), wyremontowano blisko 43 tys. mieszkań i budynków mieszkalnych. Na mocy uchwalonej z inicjatywy rządu ustawy z 8 lipca 1998 roku o dopłatach do oprocentowania kredytów bankowych, udzielonych na usuwanie skutków powodzi, zapewniona została pomoc kredytowa na odbudowę i remonty zniszczonej substancji mieszkaniowej. Z kredytów preferencyjnych, oprocentowanych 2 proc. w skali rocznej, skorzystało blisko 16 tys. powodzian, a łączna kwota udzielonych kredytów wyniosła prawie 400 mln zł.
Sprawą dużej wagi było reaktywowanie działalności produkcyjnej przedsiębiorstw dotkniętych powodzią. Z różnorodnej pomocy państwa w formie ulg, odroczeń podatkowych i doradztwa gospodarczego skorzystało kilkanaście tysięcy przedsiębiorstw. W ramach specjalnego programu dla małych i średnich przedsiębiorstw z pomocy w formie kredytów, wspartych dofinansowaniem w wysokości 40 proc., skorzystało 586 przedsiębiorstw. Łączna wartość tych kredytów przekroczyła 126 mln zł.
Dużą pomoc uzyskali rolnicy przy odbudowie gospodarstw i przywracaniu utraconych zdolności produkcyjnych. Były to:
1) zapomogi zbożowe na łączną kwotę 184,3 mln zł;
2) ulgi podatkowe;
3) udogodnienia budowlane;
4) kredyty klęskowe oprocentowane w wysokości ok. 4 proc. o łącznej wartości 175 tys. zł (skorzystało z nich ponad 12 tys. rolników);
5) dotacje do zakupu zwierząt hodowlanych i użytkowych;
6) bezpłatną ocenę wartości hodowlanej i użytkowej zwierząt;
7) możliwość zakupu materiału siewnego;
8) wszechstronną pomoc doradczą ośrodków doradztwa rolniczego na terenach powodziowych.
W zasadzie w całości zostały wykonane zadania mające na celu odbudowę infrastruktury komunikacyjno-transportowej. Uszkodzone ulice i drogi mają nowe, lepsze nawierzchnie, wyremontowano uszkodzone mosty, w miejsce całkowicie zniszczonych powstały nowe. Łącznie na te zadania wydano ponad 1,7 mld zł. Uszkodzone linie energetyczne i telefoniczne wymieniono na lepsze i nowocześniejsze.
W latach 1997-2002 na odbudowę i modernizację infrastruktury komunalnej prawie 700 gmin wiejskich, miejskich i miast na prawach powiatu wydatkowano blisko 2 mld zł. Ze środków tych odbudowano i wyremontowano w gminach mieszkania komunalne, obiekty oświatowe i służby zdrowia, placówki kultury, obiekty administracji, domy pomocy społecznej, obiekty sportowe, sieć wodociągową i kanalizacyjną, składowiska odpadów i utylizacji, drogi i mosty. Niezależnie od dotacji budżetowych, 357 gmin skorzystało ze środków pomocowych Unii Europejskiej wartości 253 mln zł.
Newralgiczne odcinki uszkodzonych i zagrożonych wałów i urządzenia melioracji wodnych o podstawowym znaczeniu dla bezpieczeństwa przeciwpowodziowego odbudowane zostały w latach 1997-1998. Kontynuowane są natomiast prace zabezpieczające na odcinkach wymagających remontów i modernizacji. Na realizację tych działań przeznaczono blisko 1,192 mld zł. Do połowy 2002 roku wyremontowano i zmodernizowano 899,9 km wałów.
Na szczególną uwagę zasługują rozpoczęte w 1998 roku i zaawansowane już znacznie, a w wielu dziedzinach dobiegające końca, prace nad stworzeniem osłony przeciwpowodziowej kraju, oparte na nowoczesnym i niezawodnym systemie monitorowania, prognozowania i ostrzegania oraz na systemie niezbędnych urządzeń hydrotechnicznych, w tym zwłaszcza zbiorników retencyjnych.
Duże znaczenie ma wieloletni "Program Odra 2006", który pozwoli m.in. na kontynuowanie prac zabezpieczających. Jest to przykład rozwiązania kompleksowego, opartego na strategii łączącej cele zabezpieczenia przeciwpowodziowego, ochrony czystości wód i środowiska przyrodniczego z przywróceniem rzece funkcji gospodarczych (transport, energetyka i turystyka). Ustawę w tej sprawie uchwalił Sejm RP 6 lipca 2001 roku.
29 marca 2002 roku powołany został Pełnomocnik Rządu ds. Programu Odra 2006. Funkcję tę powierzono wojewodzie dolnośląskiemu.
Doświadczenie zdobyte przy opracowaniu programu odrzańskiego jest wykorzystywane w rozpoczętych już pracach nad podobnym w swym charakterze programem "Wisła 2020".
Na realizację wymienionych zadań, związanych z likwidacją skutków powodzi tysiąclecia oraz budowę systemu zabezpieczenia przeciwpowodziowego państwa i obywateli, w latach 1997-2002 rząd przeznaczył ze środków publicznych ponad 8,2 mld złotych, w tym ponad 7 mld zł bezpośrednio z budżetu państwa.
Doświadczenia wynikające z wielkiej powodzi i odbudowy zostały wykorzystane w pracach nad reformą ustrojową państwa, jego struktur organizacyjnych, przy nowelizacji wielu przepisów prawnych z zakresu prawa wodnego, ochrony środowiska i zagospodarowania przestrzennego kraju.
W październiku 2001 roku Sejm przystąpił do prac nad zaniedbanymi przez cztery lata projektami tzw. ustaw prezydenckich o:
- stanie klęski żywiołowej;
- stanie wyjątkowym;
- stanie wojennym;
- wyrównywaniu strat majątkowych, wynikających z ograniczenia w czasie stanu nadzwyczajnego wolności i praw człowieka i obywatela.
18 kwietnia 2002 roku uchwalona została pierwsza z nich, tj. ustawa o stanie klęski żywiołowej.
